随着网络速度的不断提高，以及降低本地部署人力资源管理系统成本的考量，这几年越来越多的人力资源管理系统基于云端进行构建，不仅可以降低用户的部署和维护成本，也能大幅提升用户的使用体验，做到随时随地的都能使用系统和公司的全员参与等。所以基于云计算的人力资源管理软件给企业带来的效益是不容置疑的，以至于越来越的企业也开始跟风，人力资源管理系统具有许多的优势，但云端eHR系统在技术方面面临的挑战也是不容忽视的。
第一、首先是数据安全负担
所有用于管理员工资料的系统软件都会使用敏感的员工数据，这是不能避免，基于云计算的人力资源管理系统同样如此。因此，企业研究和选择符合企业所有法规需求并保护企业敏感数据的供应商显得格外关键。在选购人力资源管理系统的时候，务必确保人力资源管理软件供应商在网络安全方面的专业资质。
第二、平衡用户的易用性与系统的安全性
人力资源管理系统的安全问题还会涉及到人力资源的消费化，消费者级接口或许没有适当的安全级别，也就是说，IT可能要去添加。然而，这会破坏到系统的易用性，因为额外添加的安全层会加大审批和工作流程的复杂程度。
第三、大幅度改变的eHR系统的使用模式
扩展对于人力资源管理系统来说是一项非常关键且重大的挑战。基于云计算的人力资源管理系统需要支持的计算负载是存在非常大的差异的。人力资源管理系统应该要做到可以动态扩展或者缩小来满足不断变化的计算负载。因此，必须考虑人力资源管理系统的扩展服务。
第四、eHR系统的集成服务
云计算是可以轻松地按需添加各种各样的人力资源服务的，每项新的服务还会推动将它集成到特定的工作流程所需的所有其他服务的需求。在可能的情况下，人力资源管理系统应当尝试将这些整合到一个通用平台中去，这将大大减少添加新服务所需要的整合数量。
第五、云eHR系统的个性化服务
通用的云计算人力资源解决方案是不存在的。人力资源管理系统应当能够专注于用户的需求、体验以及参与，还包括集成和无缝功能，以确保用户可以在任何设备上随时随地地完成好工作。
第六、系统的可扩展性与灵活性的平衡
企业在选购人力资源管理软件的时候应当测试好人力资源云计算服务的可扩展性与灵活性，因为二者是对立统一的，必须平衡好二者的度，而不是凭表面的价值来衡量供应商。
第七、新的云计算技术支持压力
基于云计算的人力资源管理系统可以非常容易地添加新的服务，但是这会涉及到技术支持，才能让员工能够无缝地使用这些技术。
第八、做好人力资源数据被覆盖的准备
企业开始实施基于云计算的人力资源管理系统之后会发现，能够访问的系统数据量在大幅增加。这可能是颠覆性的，如果人力资源相关人士不具有分析能力的话。他们需要人力资源管理系统确保数据的结构化、信息化以及可操作性，否则，他们很陷入数据覆盖，数据就会难以得到充分利用。
第九、供货商是否有能力提供持续的服务
由于使用云人力资源管理系统后，数据都存放在了云端，这时就需要供货商能提供持续的技术服务，而一旦无法支撑，很容易发生所有数据在一夜之间无法访问的情况；所以最好能和供货商能进行定期的数据备份转移操作；
第十、eHR系统中的数据急剧增长或业务改变时应考虑充分
如果公司急剧发展或某个流程发生改变时，应首先企业内部讨论完，再和供货商协商，保障系统的连续性和可持续性。
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